Karaciğer biyopsisi, genellikle karaciğerde ultrason, tomografi ya da emar gibi görüntüleme yöntemleriyle saptanan bir kitlenin türünü belirlemek için yapılır. Daha nadiren de, karaciğerin tümünü tutan hepatit, siroz gibi hastalıkların varlığını ve derecesini ortaya koymak için uygulanır. Bu amaçlar için kullanılan standart yöntem kesici iğne biyopsisidir (trukat ya da kor biyopsi).

Karaciğer kesici iğne biyopsisi için lokal anestezi ve sedasyon altında, ultrason rehberliğinde bir iğne ile karaciğerdeki kitleye ulaşılır ve bu kitleden bir kaç tane ince şerit şeklinde doku parçası alınır. Tam otomatik kesici biyopsi iğneleri bir düğmeye basılınca bu işlemi otomatik olarak yaparlar. Alınan doku parçaları formaldehit solüsyonuna konarak patoloji incelemesi için gönderilirler.

Kesici iğne biyopsisi, diğer organlarda olduğu gibi karaciğerde de emniyetli ve doğruluğu son derece yüksek bir biyopsi yöntemidir. Karaciğer biyopsisi sırasında %1 ihtimalle müdahale gerektiren kanama görülebilir. Hedef kitle damardan zengin ise ya da hastada kanama riskini artıran bazı faktörler mevcutsa (trombosit düşüklüğü, karaciğer fonksiyon bozukluğu, kan sulandırıcı ilaç alımı gibi) bu risk artabilir. Böyle durumlarda koaksiyal biyopsi tercih edilebilir. Bu yöntemde, önce hedef kitleye ayrı bir iğneyle ulaşılır, sonra iğne sabit tutularak bu iğnenin içinden kesici iğne ile girilir ve kitleden birkaç örnek alınır. Bundan sonra, kesici iğne dışarı alınır ve kanama kontrolu yapılır; kanama yoksa dış iğne de çekilir, kanama varsa dış iğneden kanamayı durduran bazı maddeler (koil, glue, hastanın kendi kan pıhtısı vs) verilerek işlem sonlandırılır. 

Koaksiyal biyopsi yöntemiyle, biyopsinin riskli olduğu kitlelerden de (hemanjiom, damardan zengin kanserler gibi) emniyetli bir şekilde biyopsi alınabilir.