Pankreas biyopsisi de aslında oldukça kolay olan ancak bazı risklerinden dolayı yapılmasından çekinilen bir biyopsi şeklidir. Genellikle abartılan bu riskler kanama, iğnenin barsaktan geçmesi ve yine çokça abartılan biyopsinin tümörü yayma (seeding) olarak sıralanabilir. Pankreas biyopsisine bağlı kanama riski vardır ancak deneyimli merkezlerde ciddi kanama riski sadece %1 civarındadır ve böyle bir durumda kanayan damar ameliyata gerek kalmadan embolizasyonla (anjioda kanayan damarın tıkanması) kolayca kapatılabilir.   Biyopsi iğnelerinin ince barsaktan geçmesi ise genellikle bir sorun yaratmaz ancak ultrason ve tomografi rehberliğinde barsaklara girmeden pankreastan biyopsi yapmak zaten genellikle mümkündür. Tüm iğne biyopsilerinde olduğu gibi, pankreas biyopsisinde de tümör hücrelerinin iğnenin geçtiği deliğe ekilme (seeding) riski vardır ancak yapılan birçok çalışmada bu risk sadece on binde bir olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, pankreas biyopsisi sanılanın aksine, uygun şekilde yapıldığında, düşük riskli ve yüksek doğruluğa sahip (%90 ın üzerinde) bir biyopsi şeklidir.

Pankreas biyopsisi ultrason ya da tomografi rehberliğinde yapılabilir. Kitle hangisiyle daha iyi görülüyorsa o görüntüleme yöntemi tercih edilmelidir. Biyopsi için önce bir kılavuz iğne ile pankreastaki kitleye kadar ilerlenir ve daha sonra daha ince bir kesici biyopsi iğnesi ile kitleden çok sayıda biyopsi alınır. Kılavuz iğnenin pankreas çevresindeki damarlardan, kalın barsaktan ve mümkünse mide ve ince barsaktan da geçmemesine dikkat edilmelidir. Bunun için tomografi ve ultrasonda bu yapıların iyi görüntülenmesi önemlidir. Deneyimli ellerde, pankreas biyopsisi yaklaşık 10 dakikalık bir sürede tamamlanabilen, emniyetli ve ağrısız bir işlemdir.

Ülkemizde birçok merkezde pankreas için iğne biyopsisi uygulanmamakta, onun yerine ameliyatla biyopsi alınmaktadır. Bu durum da hastaya hem biyopsi hem de ameliyatın tek seferde yapılacağı şeklinde açıklanmaktadır. Oysa pankreas ameliyatı, yaklaşık %5 ölüm riski, %30-40 civarında da ciddi komplikasyon riski olan ağır bir ameliyattır ve pankreas kanseri olan hastaların sadece %15 inde yarar sağlamaktadır. Yani, pankreasında şüpheli kitlesi olan bir hastada ameliyatla biyopsi yapılırsa ve sonuç iyi huylu çıkarsa hasta tamamen gereksiz yere ameliyat olmuş olacaktır. Kitle kanser çıkarsa da, %85 ihtimalle hasta yapılan ameliyattan herhangi bir yarar sağlamayacak buna karşılık ameliyatın riskleri ve sıkıntılarına katlanmak zorunda kalacaktır. Bu nedenle, pankreas kitlelerinde ameliyatla biyopsi yöntemi ancak iğne biyopsisinin yapılamadığı durumlarda son çare olarak uygulanmalıdır.